矿盐中心在国家、江苏省及淮安市发改委的指导和支持下，主要依托淮阴工学院进行建设，设置了“矿盐资源深度利用技术国家地方联合工程研究中心”作为学校独立的二级科研单位，为学校中层正处级建制，并与相关学院融合共建共享。

矿盐中心设有由依托单位领导、地方政府相关部门领导及共建单位负责人组成的“建设领导小组”，作为矿盐中心的最高决策机构。设有“技术指导委员会”，是矿盐中心的技术指导机构，由高校院所、行业企业的知名专家构成的技术委员专家，负责审议中心的目标、任务和研究方向确定，指导矿盐中心的重大学术活动、年度工作，审核开放研究课题等。

矿盐中心实行在建设领导小组领导、技术指导委员会指导下的主任负责制，主任具体负责和实施中心的各项建设工作。中心现聘名誉主任1名，执行主任1名，主任助理1名，下设综合办公室、研发事业部、技术开发部等。研发事业部下设分析测试中心及5个方向研究室，技术开发部下设若干校企联合实验室，各室根据研发任务的需要组建PI团队，联合实施研究与开发，共同促进成果转移转化。基本组织架构如下图所示：                                               

（1）中心建设领导小组：工程研究中心最高决策机构。负责制定中心发展战略与研究领域；审议批准中心的重要政策和规章制度；聘任技术委员会成员、中心主任等。协调各共建单位资源，检查督促和指导中心按计划完成各项建设工作。管理委员会组成详见表1。

（2）中心技术指导委员会：科学研究与创新工作的咨询、审议及决策机构。负责中心科研的管理、监督和指导工作，以及科研管理规章制度的编制工作；负责科研工作日常管理、中心科研工作会议的组织工作；管理科研成果、知识产权、专利、科技档案、成果鉴定、评优；推荐、筛选适宜推广的新技术；审定年度工作总结，并制定、审议下年度科研管理工作计划；审议中心的规划、研究开发计划项目；开展中心技术交流、人才培养、成果评审等；帮助提供技术、经济咨询和市场信息等。

（3）综合办公室：负责实验室行政管理，人力资源管理，财务管理，绩效管理等。

（4）研发事业部：下设5个方向研究室、分析测试中心、中试中心，负责科研工作的组织与实施，外部科研资源的协作与整合，科研人员的配备与培养，科研设备管理。

（5）技术开发部：下设若干校企联合实验室，负责技术资源管理，技术需求分析、企业合作项目发布与管理、联合项目组织与管理、科技成果转化。